Inhibitorer

Struktur bör definieras, och dess syntes bör vara reproducerbar. Undvik vanliga toxiska delar och pan-analysinterfererande delar (PAINS). Undvik likaså kemiskt reaktiva grupper, såvida det inte krävs, såsom för kovalent tillsatsstabilitetsikon. Stabilitet (renhet och kemisk identitet) bör bevaras i relevanta medier med hänsyn till eventuell pH-känslighet. Aktiviteten bör finnas kvar i kulturmedia. Molekylen bör inte uppvisa o-specifik kemisk reaktivitet (t.ex. redoxreaktioner eller membrandestabilisering).

IC50 och Ki är de vanligaste sätten att beteckna inhibitorpotens. I samband med enzyminhibering indikerar IC50 koncentrationen av en inhibitor som krävs för att reducera hastigheten för en enzymatisk reaktion med 50 % under de givna experimentella förhållandena. Ki betecknar förhållandet mellan inhibitor-målkomplexnedbrytning (koff) och inhibitor-målkomplexbildning (kon) för bindningen av inhibitorn till enzymet. Termen Ki är en termodynamisk jämviktskonstant och är därför ett fast värde. IC50, å andra sidan, är en representation av inhibering under en definierad uppsättning förhållanden och kommer att förändras beroende på faktorer såsom koncentrationen av substrat som finns i reaktionsinställningen. När det gäller kompetitiva hämmare kan IC50 relateras till Ki genom Cheng-Prusoff-ekvationen: IC50=Ki*(1+[S]0/Km). Det här är ett användbart webbaserat-verktyg för att konvertera IC50-värden till Ki-värden med hjälp av olika inhibitorbindningsmodeller.

Profiling will define the selectivity for related targets, which is often a more critical factor than potency. Typically, in biochemical assays, a factor of >10-100-faldig styrka för målet mot andra familjemedlemmar definierar en hämmare som selektiv för det målet. Inhibitorer utformade för att vara selektiva för ditt mål av intresse kan fortfarande binda andra proteiner i högre koncentrationer. Det är viktigt att vara medveten om eventuella ytterligare aktiviteter som är förknippade med en viss kemisk klass. Negativa kontrollexperiment kan utformas för att visa att hämmaren inte effektivt förändrar funktionen hos några proteiner utanför målet vid den koncentration som används för att hämma det önskade målet. Väl övervägda negativa kontroller som exponering av celler eller proteiner endast för lösningsmedlet eller ersättning av närbesläktade inaktiva strukturella analoger, såsom R/S stereoisomerer, hjälper till att bekräfta effekten av hämmaren.

Verkningsmekanism är viktig för att ytterligare definiera hämmarens natur för att bestämma hur naturliga substrat vid fysiologiska koncentrationer kommer att modulera hämmarens effektivitet och för att identifiera eventuella sårbarheter associerade med denna mekanism. Potentiella hämningshändelser inkluderar: Hämmaren binder enzymet, ofta genom kovalent bindning, vilket irreversibelt inaktiverar det. Medan irreversibla hämmare vanligtvis är kovalenta, kan icke-kovalenta hämmare ibland vara så långlivade att de fungerar som irreversibla hämmare.